В первые месяцы войны на предприятии осуществлялась установка вооружения на подготовленные к выпуску катера, находившиеся на стапелях завода. В октябре 1941 года, всвязи с военной опасностью, с предприятия было вывезено в Кострому на баржах около 70% оборудования. После разгрома немецких войск под Москвой в декабре 1941 года начался ремонтаж оставшегося на предприятии оборудования и возвращение эвакуированного из Костромы. В конце февраля 1942 года завод был восстановлен и начал выпускать продукцию. Работали тогда на заводе до изнеможения, домой не приходили неделями, ночевали у станков. Главные рабочие кадры - девушки и подростки.
В августе 1942 года был начат срочный, сверх производственной программы, выпуск катеров Я-5, оборудованных установками для гвардейских минометов «Катюша». Катера с речными «Катюшами» участвовали в Сталинградской битве, а затем и в других сражениях в составе Черноморского флота, Днепровской, Дунайской флотилий, а весной 1945 года - на реке Шпрее, при штурме Берлина.
Ярославские катера приняли участие и в военных действиях против Японии. Семь минных катеров Я-5, вооруженных реактивными минометами «Катюша» обеспечивали форсирование рек Амура и Уссури, вели боевые действия на реке Сунгари.
Два катера Я-5 ярославской постройки установлены в Новороссийске и Таганроге как памятники матросской славы.
За заслуги в деле вооружения армии и флота в годы Великой Отечественной войны завод был награжден орденом Отечественной войны 1 степени.
